Die Säkularisation in Deutschland meint die Aufhebung der Klöster zu Beginn des 19. Jahrhunderts. Es ist dies eine Konsequenz aus den dramatischen Ereignissen in Frankreich, die mit den Anfeindungen, denen die Hugenotten seit der zweiten Hälfte des 16ten Jahrhunderts ausgesetzt waren, und 1789 mit der französischen Revolution einhergeht. Dokumente in Hohenlohe benennen das Jahr 1806 als das Jahr der Säkularisation; doch ist das Kloster Neresheim offenbar bereits 1802 fünf Jahre nach Errichtung der großen Holzhey-Orgel säkularisiert worden. Bei seinen Besuchen dort 1856 nennt Walcker diese Kirche ›Schlosskirche‹.

Die rechtliche Grundlage der Säkularisierung ist der Reichsdeputationshauptschluss von 1803. Mit der Säkularisation fielen die Eigentumsrechte an die weltlichen Herrscher, die somit zu ganz neuem Reichtum kamen. Im Zuge dessen befahl beispielsweise der König von Württemberg die Transferierung der großen viermanualigen Orgel des ehemaligen Klosters Zwiefalten in die Stiftskirche Stuttgart. Eberhard Friedrich Walcker wurde damit betraut. Nach einem Interim dieser Orgel im dortigen Chorraum wurde sie dann auf der Westempore aufgestellt, von 64 auf 80 Register erweitert und auf Kegelladen umgestellt. 1944 ging diese Orgel in Zuge der Bombardierung Stuttgarts unter.